台灣附近海域有七十九處水下文資待調查。文資局過去依文資法，
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，委託中研院進行台灣附近海域水下遺產調查研究，
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，選定沉船最多的澎湖海域，
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，調查四處沉船遺址，
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，含清代木船、英國S.S.Bokhara商輪、日籍的廣丙艦及山藤丸，
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，除定位、拍照，
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，還將部分金屬、石、陶遺物出水鑑定保存。
四艘沉船中，
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，以在澎湖將軍嶼海域發現的廣丙艦命運最為曲折。廣丙艦在清光緒年間由福州馬尾造船廠造艦，屬清代廣東水師巡洋艦。一八九四年甲午戰爭時投降編入日本艦隊。沒想到，第二年，此艦因搜查隱匿在澎湖的敗兵巨魁林廷程而觸礁沉沒。澎湖及日本廣島均立有紀念碑見證其滄桑。
英國S.S.Bokhara商輪一八九二年載運郵件及板球球員從上海開出，預計經香港開往歐洲；結果遭遇颱風，在姑婆嶼觸礁沉沒，一百四十八名乘客中僅廿三人生還，當時倫敦郵報及紐約時報均有報導。英國也在姑婆嶼興建紀念碑。
山藤丸是二次世界大戰時期的日本運輸船，二戰時被美國潛水艇USS Finback（SS-230）長鬚鯨以魚雷擊沉，對研究二次大戰史有重要意義。
在空殼嶼發現的清代木船，由於沉船位址發現大量的建築方磚、彩瓷碗、青花碗等，專家研判它應是清代中晚期的貿易船。，