頂新黑心油事件因上中下游產業鏈橫跨多個縣市，
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，出現多個地檢署共同偵辦的罕見狀況。據悉，
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，本月中旬台北和彰化地檢署搜索味全前董座魏應充帝寶豪宅時，
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，兩單位檢察官在搜索現場「擦出火花」，
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，互指撈過界、插花，
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，最後由高檢署介入協調完成偵辦分工。
高檢署本月十五日召集十一個地檢署開會，
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，協調統籌黑心油分工事宜，各地檢署就現有案件提出討論；據指出，北檢當天只提出去年偵辦味全混油案資料，未提已另案調查豬油案，彰檢則呈報握有頂新製造黑心油的事證。
會議結束前，高檢署檢察長王添盛裁示，彰檢負責偵辦頂新上游端，包含偵訊魏應充，北檢續辦味全混摻大統銅葉綠素案，雙方各自分工。
本月十六日，彰檢揮軍北上搜索魏應充帝寶豪宅等處，知會北檢要跨轄辦案，北檢當時告知彰檢該署也立案準備搜索，彰檢原以為北檢會在他們搜索後才去，沒想到卻在搜索現場碰上北檢人馬，讓彰檢相當詫異，通報高檢署協調證物查扣分工。
知情人士透露，台北巿衛生局稽查頂新下游廠商有部分在台北，北檢因此在本月十三日剪報分案追查味全黑心香豬油流向，甚至聲請搜索票，但北檢十五日參加高檢署會議時卻漏提這部分案情，引起兩單位誤會。
彰檢則懷疑，北檢是接獲彰檢搜索通報後，才跟著同步搜索。北檢認為，味全總部設在台北市，北檢為保全證據，自然會前往帝寶、味全總部搜索，這是北檢的權責範圍，且搜索票不可能馬上聲請就核准，搜索前有一定的準備時間。
據了解，高檢署主任檢察官管高岳上周五邀集台北、彰化、嘉義、台南、高雄、屏東六個地檢署，在高雄召開統籌偵辦起訴協調會，會議決定證據、筆錄彼此分享，卅日共同起訴魏應充。，