北宜直鐵有兩種方案，
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，一種距離比較長，
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，是從台北南港繞到雙溪，
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，再繞到宜蘭大溪、頭城，
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，另一種距離較短，
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，從南港走直線穿過翡翠水庫集水區，
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，直接到頭城，後者車程比前者省8分鐘，所以台北市長當選人柯文哲昨表示，考量人民的時間成本問題，他主張先評估後者，讓北宜直線鐵路走最短距離，因此引發爭議。
聽起來，為了交通，民眾似乎必須評估「節省時間」和「保護水庫」哪個重要，又何者該做較大犧牲？不過地球公民基金會北部主任蔡中岳認為，「省幾分鐘」不是議題的核心，在討論那之前，大家應該回頭想想「為什麼我們需要北宜直鐵？」
蠻野心足生態協會律師謝孟羽觀察，東部交通壅塞問題，只出現在假日觀光客大量湧入宜花東時，加上東部地區大眾運輸不便，所以台灣人去東部時仍習慣開車，會坐火車的以外國旅客居多，顯然新建直鐵是為了解決外來觀光客的問題。
另一方面，現有連接北、東部的交通管道，包括雪隧、北迴鐵路等，已經足以應付當地居民通勤需求，主要是因大量觀光客周末往東部跑，才擠壓到居民通勤，而需要蓋新鐵路。
換句話說，環團認為「北宜直鐵要解決當地居民通勤問題」並不是真的議題，「疏通大量前往東部旅遊的外來觀光客」才是北宜直鐵的核心目標。
「然而別忘了，東部地區的觀光定位是『慢活』和『休閒』，若大量旅客湧入，反而會影響該地生活和休閒品質，豈不是本末倒置？」蔡中岳指建議，政府若想拚觀光經濟，應提升觀光內涵、品質，近年政府拚觀光都在衝旅客人次，但因為旅遊品質差，外來客消費水準低，許多景點有人潮、卻沒有帶來錢潮，旅客再多也沒用。
「一個願意多花錢消費的觀光客，比一群消費水準低的觀光客還有效益。」蔡中岳強調，他認為，政府除應評估「究竟東部可以承擔多少人潮」、是否實施觀光客總量管制外，重點還是要讓觀光有高品質，「否則人潮無止盡地湧入東部，蓋兩條直鐵再加一條高速公路都不夠。」
謝孟羽也認為，政府需要更上位的觀光政策來解決問題，例如規畫如何將觀光客分散不同地點、如何鼓勵觀光客平日出遊，都是可思考的方向，「我們是否需要為了觀光客蓋一條鐵路，而犧牲自然環境、土地和生物多樣性？一旦失去，就回不來了。」，