中科四期二林園區廢水排放濁水溪，
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，引起環保團體和漁民擔心水質汙染。中科管理局長楊文科強調，
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，二林園區的汙水排放已通過環評，
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，現在排放量減少，
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，更不會造成汙染。
彰化縣副縣長林田富說，
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，二林園區是彰化西南角發展的關鍵，且現在轉型「精密機械園區」，製程不需用水，每日使用的兩萬噸水，幾乎是民生用水。這次的「環境差異化」審查，主要將各項排放量減到最低，進一步減輕環境的負擔。
中科二林園區因為廢水排放濁水溪，雲林地區養殖漁民擔心造成水質汙染，影響養殖的牡蠣。
彰化縣環保聯盟也反對廢水排放到濁水溪，且質疑排放管可能爆裂，汙染地下水，希望二林園區能「零排放」。
楊文科說，汙水零排放技術上不可能，一般家庭廢水也無法做到零排放，何況是工業區。而且，廢水排放到濁水溪是原有規劃，且在98年便環評通過，確認汙水排放到濁水溪後經過稀釋，不會影響水質。
當初汙水是以光電業製程為主，每日排放量為16萬噸，但二林園區轉型為精密機械園區，製程不需用水和化學藥劑，汙水主要為園區民生廢水，更不會造成環境汙染。
林田富說，二林園區除了龐大產值外，可望創造三萬個就業機會，是帶動彰化西南角發展的關鍵。這次的環境差異化審查，更是將各項排放量減到更低，讓二林園區成為高產值低汙染的科學園區。
台灣經濟和產業面臨不少挑戰，這次二林園區開發案，需要國人共同關注，為經濟發展和環境保護找到平衡點，縣府將邀集環保署、中科管理局，最晚在一月底到二林地區舉辦說明會，化解外界的疑慮，也希望各界能理性看待，才能讓二林園區早日啟動，帶動彰化的繁榮。，