因受天災侵襲危及結構安全的旗後教會兩年前動工改建，
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，目前外觀建築及牆面已大致完成，
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，內部空間格局和裝潢仍待加緊趕工，
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，預計明年4月可望煥然一新，
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，牧師余一峰說，
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，總工程經費尚缺1800萬元，
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，還要積極對外募款。
旗後基督長老教會原有建築因受颱風及地震摧殘，
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，造成磚造結構的教堂屋頂及梁柱出現大規模龜裂情況，
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，惟恐危及教友及遊客安全，教會決定重建，原有建築在2009年拆除，隔年初動工蓋新教堂。
余一峰表示，改建工程總經費須9500萬元，教會從2008年9月開始透過義賣向各界募款，目前已籌到七千多萬元。
余一峰表示，旗後教會是知名醫師馬雅各在高市最早成立的宣教場所，至今已有147年悠久歷史，為了延續宣教特色，新教堂除保留拱門、窗花及六角柱等結構，未來也將增加專人導覽、商品義賣、社區教育、弱勢學童課輔及才藝教學等多重服務。
新建中的旗後教會一樓規劃教士會周瑞長老紀念館及視聽中心，除了紀錄百年宣教歷史，也將定時播放短片宣揚教義。二樓是挑高八米、可容納3百人的禮拜堂，牆面部分還採用銅嵌彩繪玻璃增加美觀。
余一峰說，總樓高42米的旗後教會可望成為旗津最高建築，因得來不易，希望大家能把它當成自己的地方，善加愛惜維護。，