行政院組織再造拖延數年仍無法完成，
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，其中農委會林務局、水保局併入即將成立的環境資源部爭議最大。行政院版本傾向將大部分的林務局業務移至環資部，
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，但專家指出，
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，如此精簡反倒「疊床架屋」，
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，未來問題恐怕會更多。
據了解，
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，立法院法制和衛環委員會月底將再審此案，
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，立委鄭天財提出「農業部森林及保育署組織法」及「農業部水土保持及農村發展署組織法」草案，主張將森林保育及水土保持等業務，交由農業部繼續掌理，目前已有十八名立委連署響應。
鄭天財表示，農林漁牧本一家，但從目前行政院版本來看，所有資源都放在環境資源部，範圍太廣、太大，「未來的環境部長要找學林業、環保還是水利的？」
鄭天財指出，環資部內的組織架構也有很多盲點，例如「水土保持及地質礦產署」，主管的水土要保持，地礦要開發，兩者放在一起如何取得平衡？
佛光大學生態傳播研究中心主任林如森表示，借鏡國外先進國家如美國「農業部林務署」或日本「農林水產省」等，皆「農林漁牧」不分家；行政院版本朝「水土林」一家概念，將林務局納入環資部，與目前林業經營體系差異甚大，未來問題恐層出不窮。
屏東科技大學森林系教授陳朝圳也曾經投書指出，綜觀世界主要林業生產國，如韓國、日本、美國、德國及瑞典等，林業部門皆隸屬農業部。他認為，未來行政院組織改造，在農業部下設立森林及自然保育署，才符合趨勢潮流，並契合農業部門的職能權責。，