史學泰斗余英時研究中國思想、政治、文化史上起三代、下至明清，
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，也因此能洞見歷史演變。中研院副院長王汎森觀察，
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，廿世紀史學研究變得非常專業化，
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，講究斷代研究，
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，罕有人像余英時能跨越時代、「通古今之變」，
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，「他論斷任何史實問題，
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，都有兩千年背景！」
以此龐大的研究背景，余英時每能提出創新議題、連結當代，為中國文史研究提供新方法和新思路。
像他以儒、道、法三家政治思想的分野與匯流切入，討論古代中國的「反智論」時，曾表示該文其實是針對大陸文革而發，想揭示造成文革的政治勢力「雖在意識型態和組織方式取法現代西方的極權系統，但在政治操作上繼承傳統君權的負面作風，表現在對知識人的迫害」。
新作「論天人之際」中，余英時指出，「舊天人合一」原本由巫師集團創建，並透過祭祀系統（禮樂）實踐，他人無法涉及；後來「禮壞樂崩」，孔子認為禮樂須改以「仁」為核心，諸子哲學思維取代巫文化，完成「軸心突破」（人類的宇宙觀躍進），從此「新天人合一」講求的「道」與「心」合一，可讓更多人實踐。此一研究，也令人看到當代。
王汎森指出，「天人合一」是極重要的中國思想源頭問題，余英時的老師錢穆最後一篇文章正是「論天人合一」；余英時則提出史學角度研究，看天人合一如何「從巫到禮」。令人感佩的是，余英時高齡猶勤讀不輟，可從書中引用史語所副所長林富士去年發表對巫的研究看出。
余英時退休後寫的「朱熹的歷史世界」，同樣反映對思想史和當代連結的關注。中研院院士林毓生說，該書顯現歷代知識分子在最艱困環境，仍堅持「天下太平」的理想，對知識分子的努力和痛苦解釋得非常細緻。，