衛生福利部整合衛生署和內政部相關部門，
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，衛生署前署長楊志良在揭牌前夕，
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，提前獻上「祝福」，
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，期待衛福部達到一加一大於二的效果。不過，
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，他也憂心衛福部預算若無法爭取到位，
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，恐致畫餅充飢，「新部長的挑戰才剛開始。」
國內不斷發生黑心食品事件，衛福部將提高食安層級，成立「食品藥物管理署」。即將接衛福部長的邱文達表示，未來考慮讓食品藥物管理署獨立擴大，直接升格為部會。
另外，衛福部成立將整合衛政及社政資源，不少醫事人員擔心，健保醫療經費恐被社政瓜分。邱文達說，「醫療絕不會被弱化」，目前醫療健保支出約占國內生產毛額（ＧＤＰ）的百分之六點四，未來將以ＧＤＰ的百分之七為目標。
楊志良說，近年國家稅收占ＧＤＰ比率日減，以致政府財政困窘，他擔心衛福部只是把現有衛生署和內政部相關部門整併，卻未能增加預算，恐產生排擠效應。
雖然中央已合併成立衛福部，但楊志良說，地方自治法允許各地方首長依職權設立局、處，短期內各縣市仍存在衛生局、社會局既有編制，未來中央政策能否在地方落實，仍有待考驗。，