台南市古蹟與老樹眾多，
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，兩者都是保護的對象。台南市文化資產管理處長林韋旭說，
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，「過去都會注意彼此保持距離」，
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，未來更要加強管理。
林韋旭表示，
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，像是榕樹的鬚根容易攀附古蹟，
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，造成破壞，
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，都會定期修剪，
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，老樹整棵傾倒影響古蹟，在過去很少發生，將與孔廟基金會及農業局協商後續處理，避免再有相同情況發生。
孔廟基金會表示，老樹即使染病也看不出是否會倒塌，可能必須再由專家診斷。
台南市農業局指出，市區目前列管的八十年以上珍貴老樹共有兩百多棵，其中孔廟就有十五棵。兩年前正對大成殿的百年老榕，因長期感染褐根病，宣告「不治」，目前只剩下枯枝存在現場；令農業局頭痛的是，褐根病容易透過根系傳染，孔廟園區裡的老樹有多棵都染病。
台南市民代則批評市府保護老樹不夠積極，市議員邱莉莉表示，孔廟的老樹一棵棵生病，但市府今年全市只編列五十四萬元的珍貴老樹整治經費，而且只有一名老樹巡查員。，